Dopo quarantacinque anni, un nuovo Godzilla imperversa sul Giappone. L'AMF (Anti-Megaulosaurus Force), il corpo speciale incaricato di combattere i mostri che periodicamente attaccano l'arcipelago nipponico, riesce solo temporaneamente a respingerlo. Il governo investe quindi in un nuovo progetto: la creazione di un lucertolone bio-meccanico, la cui struttura è formata dallo scheletro del primo Godzilla, rinvenuto nel fondo dell'oceano, ed equipaggiato con lo "zero assoluto", un raggio in grado di ghiacciare all'istante qualsiasi ostacolo. Alla guida del gigantesco bio-robot Kiryu viene destinata Akane (Yumiko Shaku), una giovane pilota senza famiglia, incolpevole responsabile della morte di alcuni compagni quando lavorava nell'AMF.
