I lavori di trivellazione del suolo alla ricerca del petrolio riportano alla luce i resti di un animale preistorico ed un uovo. Lo scienziato Aoki accorre sul luogo e dopo accurati esami crede poter stabilire che l'uovo appartiene alla stessa razza dell'animale e che è vivo. In realtà, il cucciolo che nasce è un piccolo Godzilla e fin dai primi giorni manifesta segni di attaccamento alla dottoressa Azusa che lo custodisce e lo protegge. Miki, una ragazza sensitiva, predice l'imminente arrivo di Godzilla senior intenzionato a portar via con sé la creatura che gli appartiene ma, mentre si pensa a mettere al sicuro il cucciolo, il mostro alato Rodan - in questa occasione alleato di Godzilla - anticipa tutti rapendolo insieme ad Azusa. Per salvare la dottoressa, Aoki riattiva i circuiti dei combattivi mostri meccanici Garuda e MekaGodzilla e li invia contro Rodan e Godzilla.
