In viaggio verso il prossimo torneo, Ash e i suoi amici attraversano la città di Alamos, che ospita le Torri Spazio-Tempo. Scoprono così che qualcosa sta causando dei terribili incubi ai Pokémon e alle persone. L'arrogante Barone Alberto è convinto che sia opera di Darkrai, che appare all'improvviso e affronta i nostri eroi. Chi è Darkrai? Un amico o un nemico? Intanto si apre un varco nel cielo di Alamos dal quale appaiono i Pokémon leggendari Dialga e Palkia. Il loro scontro minaccia di lacerare il continuum spazio-temporale.
