La Cometa del Millennio illumina i cieli della Terra per sette giorni ogni mille anni. Al suo passaggio, si risveglia anche Jirachi, un pokemon dagli straordinari poteri che assorbe energia dalla cometa per mantenere in vita le piante e i pokemon che vivono vicino a Forina. Dopo aver incontrato Ash e Pikachu ad una fiera, Jirachi entra nelle mire di Butler, che vorrebbe utilizzare la sua energia per risvegliare il terribile Groudon.
