Nel 2011 un virus ha sterminato il 90% della razza umana. 400 anni dopo i superstiti vivono in un'unica città, Bregna, circondata da alte mura che la separano dall'esterno, un luogo superprotetto governato dalla dittatura della famiglia Goodchild. In un mondo privo di guerre e carestie, in una società utopica in cui tutto sembra funzionare alla perfezione, Aeon Flux, alla guida di un gruppo di anarchici, lotterà per dimostrare che la realtà è frutto di un inganno e cercherà di vendicarsi dello sterminio della sua famiglia compiuto da agenti governativi.
