Convinti di sbarcare sul pianeta deserto Ceti Alpha VI, per controllare se sia adatto alla sperimentazione del segretissimo Progetto Genesis, il capitano Terrell (Paul Winfield, il Ten. Traxler di Terminator) e il tenente Chekov scendono per errore su Ceti Alpha V, dove vengono catturati da Khan Noonien Singh e dai suoi seguaci, che lì furono abbandonati molti anni prima dal comandante Kirk. Sul pianeta, reso arido e inospitale da una imprevedibile catastrofe cosmica, hanno trovato la morte molti degli esuli, inclusa Marla McGivers, l'ufficiale della Federazione che aveva deciso di condividere il destino di Khan.
