Nell'anno 2220 d.C., la Federazione Terrestre lancia un piano per evacuare la Terra quando scopre che un buco nero in viaggio in grado di distruggere qualsiasi cosa sul suo cammino sia in rotta verso il sistema solare. Mentre le persone sulla Terra si preparano a trasferirsi sul pianeta Amare, il cui sovrano offre rifugio, i tiranni noti come "Impero S.U.S." attaccano la prima flotta di evacuazione della Terra. Dopo aver appreso che sua moglie, il capitano Yuki Mori-Kodai, è scomparsa nella battaglia e che la leggendaria corazzata spaziale Yamato è stata completamente ricostruita, Susumu Kodai accetta il comando della nave poiché intende non solo aiutare ancora una volta l'umanità, ma anche trovare Yuki nel speranza di aiutare la sua relazione con sua figlia Miyuki, che gli attribuisce la colpa della scomparsa di sua madre. Ma per portare a termine la missione, la Yamato deve affrontare battaglie contro l'Impero SUS, che intende rovinare le speranze dell'umanità di trovare un nuovo posto in cui vivere e trasformare la Terra in energia per i propri bisogni egoistici.
