Un reperto archeologico è stato ritrovato ed i suoi scopritori sono rimasti tutti uccisi da un'esplosione sconosciuta. Un suicidio in una scuola superiore. Questi sono i due fatti con cui inizia Spriggan. Vengono seguite le vicende dello Spriggan Yu Ominae, e del suo viaggio verso il reperto archeologico: l'Arca di Noè citata nella Bibbia. Ad attenderlo agli scavi si trova il professor Mayzel, capo della sezione scientifica dell'Arcam, e la sua assistente Margaret. Successivamente si scopre che è presente anche un altro Spriggan: Jean Jacquemonde. Le varie peripezie si succedono da un attacco del reparto meccanico dell'esercito americano fino all'attivazione dell'arca che porterà il mondo intero ad una situazione critica.
