Un peschereccio giapponese viene urtato da un misterioso ostacolo vagante nel mare e cola a picco. Il cuoco di bordo, unico superstite, ricoverato in ospedale non fa che ripetere, nel delirio, la parola "Gojira". Dopo la distruzione di un villaggio di pescatori a Panama, nel quale si rinvengono le impronte di un animale colossale, Godzilla, rettile gigantesco, appare a New York. Il mostro viene dal mare e, secondo le supposizioni del dottor Nico Tatopoulos e di Philippe Roache, agente del servizio segreto francese, è generato dalla mutazione del DNA di un rettile esposto alle radiazioni di un test atomico. Godzilla spadroneggia nella metropoli e, nonostante l'esca di tonnellate di pesce bellamente esposte alla sua fame, sfugge ripetutamente alla caccia organizzata dalle forze armate nascondendosi nel fiume Hudson o nelle gallerie della metropolitana. Nico, Philippe e la giornalista televisiva Audrey Timmonds scoprono che il Madison Square Garden è stato scelto dal mostro come proprio nido: centinaia di uova si stanno schiudendo e i tre ingaggiano una lotta contro il tempo per avvisare i militari prima che i voraci cuccioli escano allo scoperto.
